> Þá kemur jarl með liði sínu til Njálssona og spurði ef Hrappur hefði

(why not væri?) komið

> Then (the) earl comes with his troop to Njál's sons and asked if

Hrapp had come

It's not uncommon in Old Norse to form the perfect tense of 'koma'
with the auxiliary 'hafa' as an alternative to forming the perfect
with 'vera':

(1) a. hann hafði komit af landi ofan (Örvar-Odds saga).
b. hann hafði komit þangat (Egils saga).
c. Hann hafði komit út með Þorgrími prúða (Víglundar saga).
d. Birni kom í hug, at hann hafði komit til Þórðar, áðr hann foeri
vestr (Bjarnar saga Hítdoelakappa.
e. Af því að hann hafði komið til konungs á undan Gunnlaugi (Gunnlaugs
saga Ormstungu).
f. Þorkell hafði fylgt Haraldi konungi til Noregs þá fyrst er hann
hafði komit til lands (Heimskringla: Magnúss saga blinda ok Haralds
gilla, Heimskringla).
g. er hann hafði komit í þessa ferð (Heimskringla: Saga Inga konungs
ok broeðra hans).

(2) a. Hann er kominn í fjörð þann, er Skuggi heitir (Örvar-Odds saga).
b. Ok er hann er kominn í hásæti (Norna-Gests þáttr).
c. þegar hann er kominn í fiskimannsgervið (Orkneyinga saga).
d. ok er þat allt í senn, at göltrinn ferr þar niðr, sem hann er
kominn (Hrólfs saga kraka).
e. ok svá sem hann er kominn í höll þína við sínum mönnum (Hrólfs saga
Gautrekssonar).
f. Sem hann er kominn undir höfuðmerkit (Karlamagnús saga).
g. Hún snarast við fast ok sér, hvar hann er kominn (Sturlaugs saga
starfsama).

Faarlund cites our example from Njáls saga (The Syntax of Old Norse §
8.3.2) and comments later, "The verb 'vera' with the perfect
participle of an intransitive verb is used to form the perfect. It is
used only with verbs of transition or motion, and is an alternative to
'hafa' with the supine. [...] There may be a nuance of meaning between
the perfect with 'hafa' [...] and with 'vera'. With 'hafa' the action
or movement itself is highlighted. With 'vera' it is rather the
result of the action which is highlighted" (§ 8.3.3).

Old Norse Online says, "One occasionally finds such intransitive verbs
with hafa as auxiliary: Gunnarr hafði komit at Hlíðarenda fyrr um
daginn 'Gunnar had come to Slope's End before daybreak' (Chapter 8, §
40.2 [ http://www.utexas.edu/cola/centers/lrc/eieol/norol-8-X.html ]).