Je suis moi-meme assez peu au fait des recherches sur le nostratique, et la plus part du peu que je sais vient surtout d'anti-nostraticistes.
Je pense que si l'IE est vraiment apparente a d'autre familles, les candidats les plus prometteurs sont l'ouralique et l'etrusque dont on a tant parle il y a peu. Comme l'etrusque n'est pas si bien connu, c'est encore difficile d'etre tres sur, mais pour l'ouralique, en plus de ressemblances morphologiques, on a des verbes apparentes (comme *teke 'installer', si je me souviens bien, apparente a *dheh2), et il est possible que ce mots ne soient pas des emprunts.
Les trois laryngales correspondent a k en ouralique dans la couche la plus profonde (la seule qui soit susceptible de ne pas etre empruntee). Ca pourrait aller avec l'idee de Miguel que les laryngales remontent a *k dans certaines conditions (j'avoue d'ailleurs ne pas avoir completement bien compris ton systeme, Miguel).

Par contre, je suis tres oppose a l'inclusion de l'afroasiatique dans le nostratique. Il n'y a pas tant que ca de correspondances morphologiques entre l'IE et le semitique (autant qu'avec le chinois : *s- causatif et *m- nominalisateur peuvent se reconstruire aussi en chinois), et le vocabulaire commun est, a ma connaissance, limite a du vocabulaire culturel probabement emprunte (si quelqu'un peut donner des exemples de racines verbales communes, je serais interesse).
Je pense qu'il vaudrait mieux essayer de reconstruire l'afroasiatique, ce qui n'est deja pas une mince affaire, surtout du fait des langues chadiques et couchitiques dont l'histoire n'est pas tres claire. Quand on aura reconstruit l'afroasiatique, dans 150 ans, peut-etre qu'on pourra le comparer a d'autres langues.

Guillaume